12 commissions thématiques permanentes, composées de membres choisis pour leur compétence dans le domaine concerné, préparent les délibérations et les décisions du CA de l'ARES. L'ARES accueille aussi deux commissions spécifiques : celle chargée d'examiner les plaintes d'étudiants relatives à un refus d'inscription et celle consacrée à l'enseignement supérieur inclusif.
- Commission des bibliothèques et services académiques collectifs (CBS)
- Commission de la coopération au développement (CCD)
- Commission du développement durable (CDD)
- Commission de la formation continue et de l’apprentissage tout au long de la vie (COFOC)
- Commission genre en enseignement supérieur (COGES)
- Commission de l’information sur les études (CIE)
- Commission de la mobilité des étudiants et du personnel (COM)
- Commission pour la qualité de l’enseignement et de la recherche (COQER)
- Commission des relations internationales (CRI)
- Commission de l’aide à la réussite (CAR)
- Commission observatoire et statistiques (COS)
- Commission de la valorisation de la recherche (COVRI)
- Commission vie étudiante, démocratisation et affaires sociales (COVEDAS)
L’ARES accueille également :
- la Commission d’examen des plaintes d’étudiants relatives à un refus d’inscription (CEPERI)
- la Commission de l’enseignement supérieur inclusif (CESI)
- le Comité femmes et sciences (CF&S)
- la Commission de coordination de la formation initiale des enseignants (FIE), de l'enseignement obligatoire, de promotion sociale et secondaire artistique à horaire réduit (COCOFIE)
- le Conseil supérieur de la mobilité (CSM)
